吴征镒植物学奖由云南吴征镒科学基金会、中国植物学会于2016年7月12日联合设立，由北京植物医生生物科技有限公司捐赠奖金。

吴征镒植物学奖旨在弘扬吴征镒严谨治学、无私奉献和执着追索的科学精神。奖励在植物学基础研究、植物资源合理开发利用、植物多样性保育及生态系统持续发展等方面取得杰出成就和重要创新成果的植物学科技工作者。该奖项每届设置“杰出贡献奖”一名和“青年创新奖”两名。吴征镒植物学奖每两年评选一次，2017年为首届颁奖年。