1953年，秦仁昌倡议在云南大学农学院（现生物系）成立中国植物学会昆明分会。中国植物学会昆明分会第一届理事会：秦仁昌任理事长，理事有秦仁昌、蔡希陶、朱彦丞、徐永椿、冯国楣、徐文宣。 

　　1956年，中国植物学会昆明分会第二届理事会：蔡希陶任理事长，理事有蔡希陶、朱彦丞、徐永椿、冯国楣、徐文宣。     

　　1958年，中国植物学会昆明分会第三届理事会：朱彦丞任理事长，理事有朱彦丞、吴征镒、蔡希陶、冯国楣、徐永椿、吴少萍。学会会员发展到50余人。1966-1978年十年文革，学会被迫停止活动。 

　　1979年，中国植物学会昆明分会更名为云南省植物学会，挂靠昆明植物研究所。 

　　1979年，云南省植物学会第四届理事会：朱彦丞任理事长，理事有朱彦丞、吴征镒、蔡希陶、冯国楣、徐永椿、吴少萍、臧穆、连钝。 

　　1980年，云南省植物学会第五届理事会：蔡希陶任名誉理事长，吴征镒任理事长，段亚华、姜汉桥任副理事长，理事有吴征镒、段亚华、姜汉桥、陈介、裴盛基等15人。1980年12月学会第三、四届理事长朱彦丞逝世，1981年3月，学会第五届名誉理事长蔡希陶逝世。1982年，学会理事会增补周俊、段金玉、赵树年、肖长斐等为理事，聘请唐燿任名誉理事长。 

　　1984年，云南省植物学会第六届理事会：吴征镒任理事长，段亚华、姜汉桥任副理事长，理事有吴征镒、段亚华、姜汉桥、陈介、周俊、肖长斐、连钝、徐永椿、薛纪如。 

　　1988年，云南省植物学会第七届理事会：吴征镒任名誉理事长，周俊任理事长，孙必兴、裴盛基任副理事长。 

　　1996年，云南省植物学会第八届理事会：吴征镒任名誉理事长，许再富任理事长。  

　　2001年，云南省植物学会第九届理事会：吴征镒、许再富任名誉理事长，郝小江任理事长，李德铢任常务副理事长，陈进、陆树刚、杨宇明任副理事长，杨永平任秘书长，理事63人。 

　　2006年，云南省植物学会第十届理事会：李德铢任理事长，陈进、杨永平、陆树刚、王继永任副理事长，王雨华任秘书长，赵俊芬任常务副秘书长，常务理事35人，理事75人。 

　　2010年，云南省植物学会第十一届理事会：李德铢任理事长，陈进、张英杰、郎南君、唐开学、刘吉开、王继永、樊国盛、王跃华任副理事长，赵俊芬任秘书长，常务理事36人，理事100人。 

　　2015年，云南省植物学会第十二届理事会：孙航任理事长，朱兆云、余迪求、杨宇明、郎南军、唐开学、桂明英、钱子刚、彭金辉、王跃华任副理事长，赵俊芬、于富强、朱卫东先后任秘书长，常务理事33人，理事101人。

      2020年，云南省植物学会第十三届理事会：孙汉董、郝小江任名誉理事长，孙航任理事长，余迪求、桂明英、钱子刚、杨永平、钟明川、王继华、何霞红、普诺·白玛丹增任副理事长，朱卫东任秘书长，常务理事25人，理事77人。